調剤薬局を運営する「ファーマライズ」（東京）が、昨年５月期までの３年間にグループ会社間取引の消費税処理を巡り、東京国税局から過大還付を指摘され、約３億３千万円を追徴課税されていたことが５日、関係者への取材で分かった。